Er war seit 1998 an einer spezifischen Verlaufsform der ALS erkrankt, die sich initial mit Armlähmungen darstellte und im Verlauf mehrerer Jahre die unteren Extremitäten mit einbezog. Im Dezember 2005 war aufgrund einer ALS-bedingten Atemfunktionsstörung eine künstliche Beatmung erforderlich, die in der häuslichen Umgebung mit einem Heimbeatmungs-Team realisiert wurde. Als Todesursache ist ein plötzlicher Herzstillstand anzusehen, der um 02.00 Uhr des 28. Mai 2007 eintrat und zu einem Sterbeprozess ohne zusätzliches Leiden führte. In einer Patientenverfügung hatte der Künstler bereits im Jahr 2006 festgelegt, dass er auf intensiv-medizinische Maßnahmen verzichtet. Seinen Patientenwillen hatte er in einer Visite am 22.05.2007 erneut bekräftigt.

Jörg Immendorff hat in seiner Krankheit einen wesentlichen Beitrag geleistet, eine Öffentlichkeit für die ALS-Problematik in Deutschland herzustellen. Er war seit 2002 Patient unserer ALS-Ambulanz und hat seit Februar 2004 unsere Arbeit zur Erforschung von Ursache und Therapie der ALS aktiv unterstützt. Ausgangspunkt war eine gemeinsame Initiative des Künstlers mit der Charité, die in der Finanzierung eines Stipendiums für einen forschenden Arzt in unserer Ambulanz bestand. Im Mai 2005 initiierte er eine Auktion gestifteter Werke von 20 Künstlern in seinem Atelier in Düsseldorf. Der Erlös dient der ALS-Therapieforschung an der Charité. Mit dem Tod von Jörg Immendorff verlieren die Betroffenen, ihre Angehörigen, Pflegende und Ärzte einen wichtigen Sprecher für die Belange der ALS in Deutschland.